上海生科院(人口健康领域)科研人员受邀在Trends Cell Biol发表综述

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时间:2017-02-14  来源:文本大小:【 |  | 】  【打印

  210日,上海生化细胞所陈玲玲研究员与上海生科院(健康院)计算生物学所杨力研究员受邀在《Trends Cell Biol》发表了题为ALUternative Regulation for Gene Expression.”的综述论文,系统总结了灵长类(包括人)基因组中特异的Alu短散在核重复序列(short interspersed nuclear elements)在基因表达过程中的重要调控作用。  

  45%的人类基因组序列由转座子来源的序列构成,其中很重要的一部分是短散在核重复序列(short interspersed nuclear elements, SINE)。在包括人在内的灵长类基因组中存在一类特殊的SINE序列-Alu序列,其约300 bp长。其中,人类基因组中包含了超过一百万个的Alu序列,占据了人类基因组超过11%的序列构成。Alu等重复序列在前期通常被认为是无用的“垃圾”序列,但是随着研究的深入,大量的证据表明Alu无论是在基因组进化(DNA和转录调控水平),还是在遗传信息的多样性(表观遗传调控和RNA水平)都发挥重要的调控作用。有意思的是,Alu序列可以通过RNA Polymerase III独立转录、或者是通过RNA Polymerase II共转录,产生各色各样的RNA分子并发挥重要的基因表达调控作用,例如,大量存在于内含子的Alu序列可以通过反向互补形成RNA配对结构inverted repeated Alu sequences, IRAlus调控环形RNA的生成加工,而人基因组中所蕴含的大量特殊Alu序列则是环形RNA在人中高表达的主要原因之一发表在《Trends Cell Biol》上的这一特邀综述论文,主要对上述多种Alu序列的重要调控新功能进行了总结和展望。     

  陈玲玲研究组致力于长非编码RNA和环形RNA的代谢机制与功能作用研究,杨力研究组专注于转录组RNA计算生物学研究。近期通过合作,系统揭示了多种新型长非编码RNA,并全面揭示了这些特殊结构非编码RNA生成加工的新机制及其潜在的重要生物学功能,极大地推动了长非编码RNA研究领域的发展,其在Alu序列对环形RNA生成加工机制的合作研究处于该领域的国际领先水平(Zhang et al, Cell, 2014; Zhang et al, Cell Rep, 2016; Zhang et al, Genome Res, 2016; Dong et al, RNA Biol, 2017; etc),并多次撰写相关研究进展综述(Chen and Yang, RNA Biol, 2015; Yang, WIREs RNA, 2015; Chen, Nat Rev Mol Cell Biol, 2016; etc)。 

  相关研究获得了中国科学院、科技部、国家自然科学基金委、以及上海市科委等的经费支持 (科技处)

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